یکی از موضوعات مهمی که در فرایند تدوین طرح مواد مسئولیت سازمان‌های بین المللی، در مورد آن بحث‌های فراوانی صورت گرفت، مسئولیت دولت‌ها در ارتباط با اعمال سازمان‌های بین المللی است. برخی از طرفداران این موضوع که دولت‌ها باید برای اعمال سازمان‌های بین‌المللی مسئول قلمداد شوند، به نظریه مسئولیت ثانوی یا فرعی استناد می‌نمودند که به‌موجب آن دولت‌ها را به‌صرف عضویت در یک سازمان بین المللی، برای اعمال آن سازمان مسئول می‌دانست. بااین‌حال به دلیل مخالفت بیشتر دولت‌ها و نیز تحت تأثیر عقاید حقوقدانان مخالف مسئولیت ثانوی دولت‌ها، کمیسیون حقوق بین‌الملل مسئولیت ثانوی به این معنا را نپذیرفت. کمیسیون در طرح مواد مسئولیت سازمان‌های بین المللی (2011) بخش پنجم (مواد 58 تا 63) را به‌طور مستقل به موضوع «مسئولیت دولت در ارتباط با رفتار یک سازمان بین المللی» اختصاص داد و در این مواد، به‌طور حصری برخی رفتارهای دولت، شامل: 1- کمک و مساعدت؛ 2- هدایت و کنترل؛ 3- اجبار؛ 4- شانه خالی کردن از ایفای تعهدات؛ 5- پذیرش مسئولیت از سوی دولت و 6- ارتکاب رفتار موجب اتکای طرف ثالث درصورتی‌که موجب ارتکاب عمل متخلفانه از سوی سازمان بین المللی شوند را موجب مسئولیت دولت دانسته است. طرح مذکور، تنها در یک ماده (ماده 62) از مسئولیت ثانوی دولت‌ها سخن گفته و شرط تحقق آن را پذیرش مسئولیت از سوی دولت یا ارتکاب رفتار موجب اتکای طرف ثالث دانسته است، نه به‌صرف عضویت دولت در سازمان بین المللی. یافته‌های این اثر پژوهشی دلالت بر آن دارد، طرح مواد مسئولیت سازمان‌های بین المللی (2011) به دلایل متعدد همچون عدم‌حمایت کافی از زیان‌دیدگان ناشی از اعمال سازمان‌های بین المللی و فقدان سازوکار مؤثر برای جلوگیری از سوءاستفاده دولت‌ها از شخصیت حقوقی سازمان‌های بین المللی، برای نظام‌مندسازی مسئولیت دولت‌ها در ارتباط با رفتارهای سازمان‌های بین المللی کارآمدی و اثربخشی لازم را ندارد؛ درنتیجه اصلاح آن در جهت رفع خلأهای موجود ضرورت دارد.